Japan onderhoudt een van de grootste militaire budgetten van alle landen ter wereld. Het leger van het land (de Japan Self-Defense Forces – JSDF) wordt beperkt door artikel 9 van de Japanse grondwet, dat afziet van het recht van Japan om oorlog te verklaren of militair geweld te gebruiken in internationale geschillen. Dat maakt de Japanse zelfverdedigingstroepen tot een ongewoon leger, maar wel een waarmee gedegen rekening moet worden gehouden in de regio.
De binnenlandse veiligheid in Japan wordt verzorgd door politie binnen elke prefectuur. De kustwacht patrouilleert in de zee rondom Japan tegen smokkel, milieucriminaliteit, stroperij, piraterij, spionage, ongeautoriseerde buitenlandse vissersvaartuigen en illegale immigratie. De vuurwapen- en zwaardbeheersingswet regelt strikt het particuliere eigendom van vuurwapens, zwaarden en andere wapens.

Japan is gevoelig voor natuurrampen zoals aardbevingen, tsunami’s en natuurlijk tyfoons. In het verleden hebben aardverschuivingen en plotselinge overstromingen als gevolg van tyfoons beschadigde bouwwerken en levens geëist. Om deze reden zijn bouwcodes en andere methoden gebruikt om de natie te helpen om te weerstaan wat moeder natuur er ook op gooit. Sinds 1981 voldoen alle Japanse gebouwen aan regels met betrekking tot ontwerp en constructie. Ze zijn gebouwd om trillingen, wind, tyfoons en zware sneeuw te weerstaan. Wegen en gebouwen zijn zo gebouwd dat overtollig water kan wegvloeien zonder de structuur te beschadigen. Kustverdedigingen zijn aanwezig om potentiële stormvloeden af te weren.