Japan heeft voor het grootste gedeelte een gematigd zeeklimaat met warm tot hete zomers en vrij milde winters. Okinawa kent een subtropisch klimaat met temperaturen die zelfs in de wintermaanden nog rond de twintig graden liggen. Sommige westelijke gebieden van de eilanden Honshu en Hokkaido hebben een koel tot gematigd landklimaat. Omdat deze gebieden door verschillende bergzones voor een groot deel afgesloten zijn van de Grote Oceaan heeft het zeewater hier veel minder invloed dan aan de oostelijke kusten. Net als in Nederland heeft het grootste deel van Japan vier seizoenen. De overgangen verlopen echter veel sneller dan in Nederland.
Tyfoons, in het Japans taifu genoemd, zijn grote lagedruksystemen die zich boven de Stille Oceaan kunnen ontwikkelen. Ze kunnen hevige regenval en winden tot 200 km vertonen. Het tyfoonseizoen varieert van mei tot oktober van elk jaar, met een piek in augustus en september.
Sinds 1981 voldoen alle Japanse gebouwen aan regels met betrekking tot ontwerp en constructie. Ze zijn gebouwd om trillingen, wind, tyfoons en zware sneeuw te weerstaan. Wegen en gebouwen zijn zo gebouwd dat overtollig water kan wegvloeien zonder de structuur te beschadigen. Kustverdedigingen zijn aanwezig om potentiële stormvloeden af te weren.